2001年，金章洙外放為韓國陸軍第7軍軍長，兩年后再次“回流”聯(lián)合參謀本部。2005年4月，金章洙出任韓國陸軍第37任總參謀長。次年11月，他被時(shí)任總統(tǒng)的盧武炫提拔為韓國第40任國防部長。
2008年2月，金章洙以美韓聯(lián)合司令部副司令的身份退役，并于同年加入李明博總統(tǒng)所在的大國家黨（即如今的新國家黨）。他對該黨新崛起的新星樸槿惠非常看好，不遺余力地為其打開與軍隊(duì)高層的交往渠道。
在當(dāng)前朝鮮半島危機(jī)持續(xù)升級的背景下，樸槿惠之所以重用軍人出身的金章洙還有一個(gè)重要原因，那就是他與平壤之間有著某種歷史聯(lián)系。據(jù)稱，2007年11月27日，時(shí)任韓國國防部長的金章洙隨總統(tǒng)盧武鉉飛抵平壤，參加了朝韓國防部長級會(huì)談，并曾與當(dāng)時(shí)的朝鮮最高領(lǐng)導(dǎo)人會(huì)面。在那次首腦會(huì)談中，因與朝鮮領(lǐng)導(dǎo)人禮節(jié)性握手時(shí)沒有低頭，顯得頗為“傲氣”，金章洙居然由此在國內(nèi)獲得了“強(qiáng)硬將軍”的別稱。對此，金章洙在五年后向韓國記者解釋說，“我跟人握手的時(shí)候本來就沒有低頭的習(xí)慣，況且我作為統(tǒng)帥60萬國軍的國防部長，怎么能向?qū)Ψ降皖^呢？”
有分析稱，樸槿惠可能有意通過任用金章洙等強(qiáng)硬派，向外界傳遞一個(gè)信息，那就是韓國決心對朝鮮實(shí)施“強(qiáng)力應(yīng)對”。同樣，作為精通處理韓美關(guān)系的軍方大佬，金章洙或許也將在韓美共同應(yīng)對朝核危機(jī)時(shí)發(fā)揮關(guān)鍵作用，只是這種作用將把朝鮮半島的局勢引向何方，目前還難定論。