但挑戰的聲音隨之而來。比如評論家山本七平、作家鈴木明便發表文章，從幾個方面竭力論證：用日本刀搞“百人斬”完全不可能，又聲稱屠夫之一向井敏明在南京戰役前已經負傷，不可能參戰云云。
本來，以上爭論只是不同觀點作者之間借助媒體的“對戰”，但學院派歷史學家的介入，讓事情性質起了變化。秦郁彥（代表作《日中戰爭史》）、洞富雄（代表作《南京大屠殺》）等學界公認的日本近現代史專家，都專門發文批評山本七平的言論。
此事前后紛紛擾擾鬧了三十年。到2003年4月，野田、向井兩戰犯的家屬干脆把牽涉其中的《每日新聞》《朝日新聞》及本多勝一全部告上法庭。經過兩年審理，2005年法院宣布原告敗訴。此案審理過程中，又披露了大量史料，當年“百人斬”暴行的真實性，進一步得到確證。
長達三十年的“百人斬”日本民間辯論及法律訴訟，逐漸讓參與各方演變成兩大陣營：對南京大屠殺到底是不是發生過，既有“肯定派”，也有“否定派”。
前面提到的作家鈴木明，在1973年特地寫了一本《南京大屠殺之幻》，書中針對支持南京大屠殺確實存在的不少史料，加以辯駁。此書算是為“否定派”打開先河，所以人們也把該派稱作“幻派”。
鈴木明的書出版后，關于南京大屠殺的辯論有過一段沉寂期。1982年，日本國內出了個“教科書誤報事件”，再度讓有關辯論熱了起來。
大屠殺已成定論
原來，1982年6月26日，日本各大媒體紛紛報道：日本文部省（負責管理教育、文化、學術）將會把歷史教科書中“侵略華北”的表述改為“進出華北”。盡管很快便證實，這只是一條假新聞，即所謂“誤報”，但當時一下子引起了中、韓兩國抗議，中國干脆拒絕日本文部大臣小川平二訪華。為了修復破損的外交關系，文部省緊急制定《近鄰諸國條項》，規定歷史教科書的措辭，必須要照顧到中韓等鄰國觀感。
日本政府是妥協了，但民間的右翼分子卻騷動起來。南京大屠殺主犯之一松井石根（進攻南京前夕任侵華日軍上海派遣軍司令，1948年底以“未能阻止非人道暴行”的罪名，被遠東國際軍事法庭判決為乙級戰犯絞死）的秘書田中正明，出版了《松井石根大將的陣中日記》，試圖從根本上否定南京大屠殺的存在。