在《故國人民有所思》一書中，觸目皆是這類例子。大學共同體本來是一個以學術權威為中心的禮治共同體，然而運動顛覆了原本的共同體秩序，不斷鼓勵學生向老師挑戰，青年教師向老一輩學者發難。馮友蘭的發言被年輕人一再打斷，還被指著鼻子警告：“我提醒你注意”如何如何。北大化學系傅鷹教授身為副校長，但在系里得不到尊重，化學系總支屢屢向傅鷹挑釁，試圖在人事、學術、教學上由總支獨攬大權。傅鷹傷心地說：“青年老年之間這幾年傷了感情，過去我們對學生真是用心，現在感情大不如以前，年輕人對老教師也毫無感情，雙方如此，自然不易搞好。”

　　在意志上被迫接受思想改造，并不意味著知識分子在理性上沒有自覺的成分。之所以如此，乃有其復雜的思想脈絡和歷史語境。中國知識分子對新政權的認同，有三個不同的層面，第一是政治上接受新政權；第二是思想上接受新的國家意識形態；第三是學術上接受馬列主義方法指導。在第一個政治層面，可以說大部分留在大陸的知識分子都對新政權有所期待。原因無他，乃是他們太痛恨腐敗的國民黨，共產黨初入城時所帶來的新氣象，讓許多知識分子都欣喜不已，對新政權有好感，產生了政治上的認同。《故國人民有所思》中有一篇談的是著名史學大師陳垣。北平和平解放前夕，南京政府三次派專機接他南下，這位輔仁大學校長就是不走，他說：“我是抱著懷疑的心理要看一看，到底什么原因共產黨能打敗國民黨的幾百萬軍隊？這一定有個道理。”如同陳垣一樣，不少有理性自覺的知識分子對新政權背后的意識形態充滿好奇之心。北平剛剛和平解放不久，清華的一些教授自動組織起來，學習自己所陌生的馬列主義。陳垣在1949年之后的積極態度，包括批判學術上的老友胡適，連胡適在美國都感到詫異，認為是被逼的。其實，未必沒有自覺的成分。到1958年，陳垣老先生以七十八歲的高齡申請入黨，引起知識界轟動，成為思想改造成功的標桿性人物。他有一句經常被統戰部門的工作報告引用的名言：“過去幾十年自己太無知了，恨自己接觸黨太晚了。”

　　在思想層面，雖然大部分知識分子都是廣義上的自由主義者，但近代中國的自由主義不是洛克、哈耶克那一路的古典自由主義，而是結合了社會主義理念的新自由主義或社會民主主義。在意識形態層面，他們不論在理想境界還是現實問題上，對新民主主義、社會主義乃至共產主義理想并非完全疏離，相反倒具有某種親和性。許多知識分子愿意慢慢接觸和了解新國家意識形態，雖然在學術層面他們還想保持自己的獨立和自由。

　　不過，群眾性運動疾風驟雨，如何等得了知識分子的自覺轉變？一萬年太久，只爭朝夕。顧頡剛抱怨說：“本年三反、五反、思想改造三種運動，剛無不參與，而皆未真有所會悟。所以然者，每一運動皆過于緊張迫促，無從容思考之余地。剛以前作《〈古史辨〉自序》，是任北大助教六年，慢慢讀、慢慢想而得到的。因為有些內容，所以發生了二十余年的影響。今馬列主義之精深博大，超過我《古史辨》工作何限，而工作同志要人一下就搞通，以剛之愚，實不知其可。”

　　思想改造運動自有從延安開始的一套辦法，理解要轉變，不理解也要轉變。這就是向知識分子大喝一聲：你的立場站錯了！從儒家士大夫到近代知識分子，中國讀書人都相信家國天下、士志于道，自信熱愛社稷、心系黎民。兩千年來，縱然讀書人有百般缺點，但愛國愛民的拳拳之心，還從來沒有被懷疑過。然而，在思想改造運動之中，知識分子賴以自信與自尊的基石被兩種誰也不敢反對的意識形態徹底摧毀了。擺在讀書人面前的，是兩個非此即彼的立場選擇：一個是民族主義：你是站在帝國主義立場，還是中華民族立場？另一個平民主義：你是站在資產階級一邊，還是平民大眾一邊？正是這一“態度/立場決定論”，從第一個回合交手，就瓦解了讀書人的思想學術防線。